A raíz de la solicitada que pide la remoción de Rafecas por su rechazo a investigar la denuncia de Nisman contra la ex presidenta Cristina Fernández, Zaffaroni -quien firmó la contrasolicitada para defenderlo- advirtió que "hay que ponerle un coto a esto porque se ha excedido todos los límites de la práctica, la discusión política, la disputa".
"Rafecas es un tipo independiente y que dice “yo no me meto en este lío, no me partidizo de esta manera”; es un muchacho que sabe de derecho, tiene su carrera universitaria, académica, docente... No se va ensuciar en esto", argumentó. Zaffaroni consideró que "es inédito en la historia del judicialismo argentino. Es la primera vez que se enfoca a un juez como blanco de esta manera y sobre todo por el contenido de sentencias" y aseguró que "esto se pasa ya, se rompió el termostato".
En ese marco, llamó al Consejo de la Magistratura a intervenir en defensa del juez, "haciendo una declaración invitando a la mesura". En ese organismo se tramitan dos denuncias de juicio político contra Rafecas, una de las cuales es por su papel en el caso AMIA y el cierre de la denuncia de Nisman.