El 14 de enero del 2015 el exfiscal de la Unidad Fiscal de Investigación del atentado terrorista contra la AMIA acusó a la entonces presidenta por el supuesto encubrimiento agravado de cinco iraníes prófugos acusados por el ataque del 18 de julio de 1994. El abogado de Garfunkel, Pablo Lanusse, había reclamado investigar si la expresidenta tuvo participación en la muerte.
En la audiencia, el abogado insistió en la hipótesis de que se trató de un magnicidio. Sara Garfunkel había solicitado además que se readecuen las indagatorias respecto del asesor informático Diego Lagomarsino y de los cuatro custodios de Nisman durante el fin de semana que apareció muerto en su departamento de Puerto Madero Luis Ismael Miño, Armando Niz, Rubén Fabián Benítez y Néstor Oscar Durán.
Los policías finalmente fueron procesados. La madre de Nisman sostiene que en el plan criminal para asesinar a su hijo y en lo que pasó después para limpiar la escena del crimen y presentarla como un "suicidio" fue esencial el accionar de los custodios Miño, Niz, Benítez y Durán. También, considera que eso se hizo con conocimiento y a partir de un plan de autoridades superiores