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En binomio con el joven dirigente cocalero Andrónico Rodríguez, Choquehuanca era el candidato presidencial propuesto por el Pacto de Unidad, una alianza de fuerzas políticas, indigenistas, movimientos sociales y sindicatos.
Choquehuanca fue uno de los hombres clave del MAS, el partido de Morales, con quien ocupó la cartera de Relaciones Exteriores de Bolivia durante sus dos primeros mandatos y parte del tercero (desde el 23 de enero de 2006 hasta el 23 de enero de 2017), y desde marzo de 2017 hasta noviembre pasado ocupó el cargo de secretario general de la Alianza Bolivariana para los Pueblos de Nuestra América (Alba).
Mientras fue responsable de la cancillería, la gestión de Choquehuanca fomentó el pachamamismo como filosofía indígena y entre sus acciones más recordadas se encuentra el giro del reloj principal de la plaza Murillo -la principal de La Paz- al revés.
Fue dirigente estudiantil, estudió filosofía y en los años 80 pasó por la Escuela Nacional de Formación de Cuadros de Cuba y fue parte de varios procesos sociales políticos en diferentes congresos sindicales.
Por esa época empezó a apoyar a las organizaciones del movimiento campesino, sobre todo a la Confederación Sindical Única de Campesinos de Bolivia (Csutcb) que lo llevó a conocer en 1984 al entonces líder cocalero del trópico de Cochabamba, Evo Morales.
