A partir de la creación de la Agencia serán sus objetivos, entre otros, “elaborar propuestas consensuadas respecto a las posibles líneas de acción referidas a la prevención y reparación del daño ambiental; asesorar a los gobiernos municipales y comunales en la materia; formalizar mecanismos de control intermunicipal y generar y proveer información sobre el tema”.
En el decreto se encomienda al Departamento Ejecutivo suscriba convenios de cooperación y asistencia recíproca con las distintas municipalidades y comunas geográficamente vinculadas con los humedales del río Paraná, para conformar la menciona agencia, que tendrá por integrantes a los intendentes y presidentes de comuna; a los titulares de las comisiones de Ecología y Medio Ambiente de los Concejos y a representantes de organizaciones no gubernamentales, asociaciones intermedias y agrupaciones que trabajen en la temática. También se invitará a participar a representantes de los gobiernos nacional y de las provincias en los que se encuentren ubicados los humedales.