El tercer miembro de la sala de Casación, Juan Carlos Gemignani, votó en disidencia, al pronunciarse en favor de ratificar la prisión domiciliaria al condenado. Etchecolatz está detenido también a disposición de la Justicia de La Plata, donde hay recursos pendientes de resolución sobre sus pedidos para obtener la prisión domiciliaria.
En el ámbito de la Justicia de la ciudad de Buenos Aires, la fiscalía apeló la decisión de concederle el beneficio, porque los camaristas que lo hicieron no habrían tomado en cuenta "la opinión de peritos expertos del Cuerpo Médico Forense e incluso los de parte que, en este incidente y también en el de La Plata, sostuvieron que las patologías que presenta Etchecolatz pueden ser tratadas dentro de la unidad de detención donde se aloja".